La maggior parte degli edifici di epoca medievale conservati ad Almè sono di natura fortificata: questo elemento non fa altro che sottolineare la valenza difensiva o di punto di guardia di questo nucleo, attestato nelle fonti medievali già dal IX secolo e come residenza dei conti Gisalbertini. Il suo posizionamento presso l’importante percorso che dalla città di Bergamo, attraverso Petosino, serviva poi per raggiungere le sponde del Brembo, attraversabile per mezzo del ponte della Regina (già di epoca romana), fa sì che l’urbanistica del territorio si sviluppi lungo questa percorrenza principale, con dei punti di controllo, ovvero la torre dell’Oro e la torre presso la chiesa di San Michele.
Il resto dell’abitato si organizza attorno ai nuclei fortificati esistenti: il Castello Colleoni a sud e lo scomparso Castello Vaglietti al limitare occidentale dell’attuale comune. Tutte le strutture fortificate sorgono come protezione delle famiglie possidenti residenti in loco: i Colleoni e i Vaglietti, appunto. La chiesa di San Michele rientrava sotto la competenza del territorio di Almenno San Bartolomeo, a differenza della vicina chiesa di San Faustino di Villa ‘Almè che era nella pertinenza della Valle Brembana Inferiore: questo dato lascia intendere una gestione diversa di questi due comuni limitrofi che, in epoca medievale, ebbero origine e organizzazione differenziata.
In origini l’abitato non doveva presentarsi come fortificato, perché le fonti lo definiscono come villa, contrapposto al castrum isolato, di cui si hanno notizie solo da primi decenni del XII secolo, identificato come il Castel Vailetto, noto nella documentazione della fine del XIII secolo, sebbene distaccato rispetto al resto del paese, che era il centro organizzativo del territorio controllato dalla famiglia signorile. È stato ipotizzato che la fondazione di questo castello fosse il tentativo di creare un nuovo punto di potere, sebbene non abbia avuto esito, dato che il centro del paese rimane tutt’ora legato alla zona in cui sorge la chiesa e dove si sviluppa la viabilità da Bergamo verso il Lemine. Tra i nuclei abitati si ricordano il Castellum Vayletti con proprietà dei Colleoni e della Crotta, Closum Sancti Michaelis, con la chiesa, case e portici ricoperti di coppi e lastre di pietra, corte e ara; il fossatum Castri eredi Suzzii collonium (che corrisponde alla torre di piazza San Fermo e alla torre di Colliono), la zona Yzilini Collionum, in via Torre dell’Oro, nei pressi di Carobollum.
Questo documento ci consente di confermare l’esistenza, già alla fine del XIII secolo di quasi tutti gli edifici fortificati e delle loro pertinenze, eccezione fatta per la torre all’estremità sud. Le evidenze architettoniche conservate consentono di definire la formazione del nucleo insediativo già dal IX secolo con la fondazione della chiesa di San Michele, che poi diventa cappella di corte con il costruito di XI secolo. Tra la metà e la fine del XII secolo si vanno impostando in questa zona di raccordo tra il “suburbio” cittadino e la corte di Lemine un villaggio strutturato con strutture di difesa personali, il Castel Vaglietti al limite ovest a controllo del Brembo, e il Castello di Colliono e la torre ora sede degli Alpini nei pressi della Chiesa di Santa Maria. La tecnica costruttiva vede l’impiego della pietra arenaria reperibile in loco, di facile lavorazione per la sua natura scistosa. Rare e frammentarie sono le testimonianze legate all’occupazione del borgo tra XIII e XIV secolo. L’impressione è che il borgo non fosse occupato in maniera continuativa per tutta l’estensione dell’attuale centro urbano, ma che vi fossero ampi spazi aperti così come attestato nella cartografia catastale Ottocentesca.