L’area dell’Isola presentava, fin dall’epoca altomedievale, diversi castra di cui si hanno documentazione nelle fonti scritte, costruiti da gruppi di privati nei pressi di nuclei abitati preesistenti. Queste fortificazioni, assieme ad altre di proprietà pubblica, sorgevano lungo il passaggio verso Lecco con un interesse strategico di controllo del territorio. Nell’XI si diffondono altri fortilizi, tra cui uno a Bonate Sotto.
Dal punto di vista insediativo il borgo di Bonate Sotto si origina attorno alla presenza di edifici religiosi più antichi di XII secolo, Santa Giulia di Lesina e San Giuliano in località Villa. La chiesa di Bergamo a partire dal XII secolo iniziò a fare importanti investimenti fondiari per inquadrare quelle aree periferiche che da sempre facevano capo alla città di Bergamo, finalizzati anche ad un controllo giurisdizionale del territorio nei confronti delle famiglie capitanali.
Il comune di Bergamo subordinò al proprio controllo le famiglie particolarmente influenti sul territorio specialmente nei punti di confine. Con la fine dell’esistenza giuridica del Comune di Bergamo, lo statuto del 1331 il territorio era ordinato e controllato dai cives della piccola aristocrazia locale, che trasformarono il territorio con fortificazioni di tipo signorili: tra questi la presenza colleonesca risultava presente anche nel castrum lesine di Bonate Sotto. Il controllo delle chiese avveniva attraverso l’insediamento di sacerdoti scelti tra i propri familiari: attraverso scambi di benefici si insediarono in questo territorio anche i Suardi in San Giorgio di Bonate Sotto nel 1333.
Nell’impianto medievale del borgo di Bonate Sotto non si riscontra la costruzione di importanti edifici fortificati commissionati dalla famiglia più importante che viveva nel territorio, bensì sorsero diverse case fortificate abitate dalle famiglie nobili che si stabilirono nel borgo. Queste residenze, realizzate sempre nella modalità della casa o cascina fortificata, presentano un impianto costruttivo similare: sorgono tutte dopo il XIV secolo, periodo in cui evidentemente avviene un boom economico nel paese, forse ormai indipendente da Bergamo.
Le case-cascine fortificate presentano sempre una piccola torre, posta in un angolo del complesso architettonico generalmente di impianto quadrangolare: l’edificio turrito, più che distinguersi per i caratteri difensivi, è caratterizzato da un’altezza maggiore rispetto ai fabbricati limitrofi. Attorno ad esso, infatti, si articolano delle abitazioni lungo un fronte strada e verso l’interno viene lasciata libera un’ampia area comune a corte, attorno alla quale si dispongono progressivamente le altre costruzioni. Queste case/cascina, che si differenziano per la destinazione residenziale o agricola, sono innalzate con la medesima tecnica edilizia: hanno i cantonali in blocchi lapidei e arenaria e il paramento in ciottoli a spinapesce, disposti in maniera più o meno ordinata a seconda del momento costruttivo. Le maestranze attive in queste zone, quindi, non erano certamente specializzate, ma si trattava probabilmente di muratori locali che sapevano ben impiegare il materiale reperibile nei dintorni del paese, ovvero i ciottoli recuperati dal torrente Lesina. Questa tecnica edilizia ebbe lunga continuità di vita, perché anche nelle fasi di ristrutturazione si adoperano sempre i medesimi materiali, con l’aumento progressivo di elementi in cotto.
