L’area dell’Isola presentava fin dall’epoca altomedievale diversi castra, di cui si hanno documentazione nelle fonti scritte, costruiti da gruppi di privati nei pressi di nuclei abitati preesistenti. Queste fortificazioni, assieme ad altre di proprietà pubblica, sorgevano lungo il passaggio verso Lecco con un interesse strategico di controllo del territorio. Nell’XI si diffondono altri fortilizi, tra cui uno a Bonate Sotto citato nelle fonti, Castrum Lesina (1088 e 1099), di cui non ci sono resti materiali: questo fortilizio era contiguo all’abitato. La presenza, poi, di piccole famiglie dell’aristocrazia feudale diede esito alla trasformazione in piccole residenze private, con la definizione di nuclei dinastici della piccola aristocrazia feudale che prendevano il nome dalla località di residenza, quali i de Bonate, famiglia che arrivò ad esercitare largo potere sul territorio, fino a controllare la carica vescovile con lo scismatico Gerardo. Nel territorio di Bonate Sopra, invece, non si conservano fonti relative alla presenza di costruito fortificato nel XI o XII secolo, ma le architetture legate alla difesa sono conservate in maniera puntuale nel borgo (Casaforte di Via San Lorenzo e alcune cascine fortificate). Questo può far ipotizzare che il nucleo di residenza della famiglia dei De Bonate fosse da ricondurre in realtà nell’altro borgo e non a Bonate Sopra.
Dal punto di vista insediativo il borgo di Bonate Sopra si origina attorno alla presenza di edifici religiosi più antichi, tra cui la chiesa di Santa Maria, documentata nelle fonti di X secolo; per quanto riguarda la chiesa di San Geminiano, vista la sua dislocazione abbastanza isolata rispetto allo sviluppo del nucleo urbano, si può ipotizzare che avesse funzione cimiteriale, come avviene di solito per le chiese in campis, anche se le fonti tacciono in tal senso. La chiesa di Bergamo a partire dal XII secolo faceva importanti investimenti fondiari per inquadrare quelle aree periferiche che da sempre facevano capo alla città di Bergamo, finalizzato anche ad un controllo giurisdizionale del territorio nei confronti delle famiglie capitanali. Il territorio tra Adda e Brembo era stato sapientemente gestito dalle abili alleanze tra il vescovo Gerardo de Bonate, che aveva ottenuto da Federico I il riconoscimento ufficiale della giurisdizione di questa parte del territorio per i vescovi di Bergamo e di Cremona, a scapito dei milanesi e dei bresciani; tale privilegio era stato poi ribadito dal vescovo Guala nel 1183. Il riconoscimento del confine tra Bergamo e Milano sulle rive dell’Adda fu quindi una delle conquiste più importanti dei vescovi bergamaschi vista la presenza della giurisdizione ecclesiastica milanese che arrivava fino all’intera Val San Martino. Con l’arrivo del Comune di Bergamo, le conquiste già ottenute dai vescovi furono solide basi per avviare un consolidamento istituzione e un controllo completo del territorio. Il comune di Bergamo subordinò al proprio controllo le famiglie particolarmente influenti sul territorio specialmente nei punti di confine.
Con la fine dell’esistenza giuridica del Comune di Bergamo, lo statuto del 1331 il territorio era ordinato e controllato dai cives della piccola aristocrazia locale, che trasformarono il territorio con fortificazioni di tipo signorili: è forse a questo periodo che possono essere ricondotte le poche strutture fortificate rilevate sul campo.
Nell’impianto medievale del borgo di Bonate Sopra si sono conservati una trentina corpi di fabbrica antichi e diversi elementi architettonici isolati entro contesti ristrutturati, che attestano la presenza di edifici di epoca medievale: a differenza di altri contesti limitrofi già meglio conosciuti, qui non si riscontra la costruzione di importanti edifici fortificati commissionati dalla famiglia più importante che viveva nel territorio, bensì sorsero diverse case fortificate abitate dalle famiglie nobili che si stabilirono nel borgo. Queste residenze, realizzate sempre nella modalità della casa o cascina fortificata, presentano un impianto costruttivo similare: sorgono tutte dopo il XIV secolo, periodo in cui evidentemente avviene un boom economico nel paese, forse ormai indipendente da Bergamo.
Le case-cascine fortificate presentano sempre un edificio angolare di spicco, come la casaforte di Via San Lorenzo, che si caratterizza per un’altezza maggiore rispetto ai fabbricati limitrofi. Attorno ad esso, infatti, si articolano delle abitazioni lungo un fronte strada e verso l’interno viene lasciata libera un’ampia area comune a corte, attorno alla quale si dispongono progressivamente le altre costruzioni. Queste case/cascina, che si differenziano per la destinazione residenziale o agricola, sono innalzate con la medesima tecnica edilizia: hanno i cantonali in blocchi lapidei e arenaria e il paramento in ciottoli a spinapesce, disposti in maniera più o meno ordinata a seconda del momento costruttivo. Le maestranze attive in queste zone, quindi, non erano certamente specializzate, ma si trattava probabilmente di muratori locali che sapevano ben impiegare il materiale reperibile nei dintorni del paese, ovvero i ciottoli recuperati dal torrente Lesina. Questa tecnica edilizia ebbe lunga continuità di vita, perché anche nelle fasi di ristrutturazione si adoperano sempre i medesimi materiali, con l’aumento progressivo di elementi in cotto.
Tra gli elementi architettonici conservati, spiccano ampi archivolti a pieno centro che consentivano l’accesso a vani cortilizi, forse anche questi relativi a edifici in ciottoli che ora non riusciamo più a leggere: i portali sono tra gli elementi cronologicamente più antichi, poiché risalgono addirittura al Duecento. Dal momento che questi elementi sono distribuiti in maniera coerente all’interno del centro cittadino, sono segnali che consentono di ricostruire attraverso diversi tasselli, anche se puntuali, la storia medievale del borgo, che doveva avere una estensione omogenea e continuativa che corrisponde a quella dell’attuale centro storico, senza particolari parcellizzazioni. Tra le frazioni del borgo, l’unica che conserva tracce di frequentazione antica, sempre legata alla presenza di cascine, è Ghiaie in località Torchio, ove il toponimo rimanda chiaramente alla presenza di impianti produttivi di carattere artigianale.
La tecnica costruttiva caratterizzante l’edilizia di questo comune in epoca medievale è senza dubbio l’utilizzo dei ciottoli disposti a spina di pesce: questa modalità costruttiva prevedeva una minuziosa selezione del materiale da mettere in opera, il cui allettamento nella malta prevedeva conoscenze precise sulla statica, proprio perché si tratta di elementi che non hanno superfici orizzontali ben definite e quindi è difficoltosa la gestione dello scarico del peso. L’utilizzo di bozze calcaree nei cantonali e negli elementi architettonici ampi di passaggio rende conto di conoscenze legate all’estrazione del materiale di cava e alla sua lavorazione, sebbene prevalesse il recupero di materiale sporadico dal greto dei fiumi.
