La morfologia territoriale di Almenno San Salvatore ha fortemente condizionato la tipologia insediativa fin dall’epoca medievale: i confini comunali attuali rimarcano quelli antichi, definendo un’occupazione del territorio a triangolo, con i limiti est ed ovest definiti rispettivamente dal fiume Brembo e dal torrente Tornago che si riuniscono a sud con la confluenza dei due corsi d’acqua.
Proprio lungo queste linee di confine si dispongono gli elementi di difesa, come la casatorre in Via Cimaer all’estremità orientale, la torre di località Molina e la torretta di Via Masconzano, per poi risalire verso occidente con la porta-torre in località Oneta. Questi corpi fortificati, sorti dal XIII secolo in poi, attestano la necessità di creare una sorta di “cortina” di protezione del paese nelle zone più scoperte, ovvero quelle a ridosso degli elementi d’acqua.
La distribuzione dei complessi religiosi, partendo dalla più antica Madonna del Castello all’estremità est, segue una linea pressoché retta verso ovest fino a San Nicola: i due monumenti sopra menzionati sorgono in punti altimetricamente sopraelevati di Almenno San Salvatore, perché la pieve era su un rialzo roccioso con alle spalle il corso del Brembo, mentre San Nicola fu edificata sulla collina di Umbriana. Nella zona più pianeggiante del paese e in aperta campagna si trova la chiesa di San Giorgio, isolata laddove un tempo vi erano delle strutture preesistenti di epoca romana.
Per quanto riguarda le abitazioni civili, invece, il borgo di Almenno San Salvatore ha una conservazione eccezionale di fabbricati storici: oltre 90 edifici antichi, spesso in buono stato di conservazione delle tessiture murarie o nelle aperture antiche risparmiate dalle moderne ristrutturazioni. Gli edifici del 1200 sorgono nei pressi della zona già occupata da presenze religiose: in località Oneta, vicino al monastero e alla chiesa di San Nicola, furono costruiti, infatti, sia edifici di difesa, la porta torre e la torretta isolata, sia di tipo residenziale impiegando calcare locale.
Diverse abitazioni del XIII secolo sono attestate anche nell’attuale centro del borgo nei pressi del Municipio: qui si conservano complessi pluristratificati o abitazioni articolate su tre livelli con ampi portali di accesso al piano terra, sempre realizzati in calcari locali. Nelle architetture più antiche prevale l’impiego di elementi in pietra legati da malta cementizia.
Nel Trecento si diffondono nel paese anche edifici di natura residenziale e rurale, come la cascina “Ca’ dell’Ora”, che ebbe poi ampliamenti nei secoli successivi, e i complessi in Via Convento, alle cui spalle si estendevano i broli per la coltivazione pertinente alle singole unità abitative. Non mancano poi ampliamenti e progressive occupazioni spaziali nel XV secolo.
Nel corso del XVI secolo sono stati rilevati nel borgo altri complessi isolati, oppure in addosso ad altri più antichi, che documentano un’ulteriore espansione territoriale, anche se meno incisiva di quella del secolo precedente. Quest’ultime aggiunte sono sporadiche sul territorio, non tanto per una minore espansione territoriale, ma più probabilmente perché gli edifici sono stati oggetto di modifiche nel corso del tempo ed oggi non sono più rilevabili. In questo ambito temporale, oltretutto, si praticava sempre più con frequenza il rivestimento con intonaco all’esterno degli edifici, elemento che limita la lettura archeologica dei manufatti.